केन्द्रको वार्षिक र आवधिक योजनाहरू तयार पार्ने, संस्थागत सुधार र विकास योजनाहरू बनाउने, बजेट र वैदेशिक सहायता व्यवस्थापन गर्ने र कच्चा पदार्थको भण्डारण गर्ने यस शाखाको प्रमुख कार्यहरूमा पर्दछन्। यस शाखले कुशल औषधि निर्माण(GMP), जडीबुटी भण्डारण संहिता र अन्य मापदण्डअनुसार गुणस्तरीय औषधि निर्माण भए नभएको एकिन गर्दछ । यसका साथै, कच्चा पदार्थ र आयुर्वेद औषधि सम्बन्धी अनुसन्धान, विकास, उत्पादन र बजारीकरणमा नीति, कानून र मापदण्ड निर्माणमा सहयोग पुर्याउँने यस शाखाको दायित्व रहन्छ । औषधि निर्माणसँग सम्बन्धित अभिलेख अद्यावधिक राख्ने, गुणस्तर नियन्त्रणमा सहयोग गर्ने, मूल्य निर्धारणमा सहयोग गर्ने र समीक्षा गोष्ठि आयोजना गर्ने जस्ता कार्यहरू पनि शाखाले गर्ने जिम्मेवारीमा पर्दछ।